中国科学院北京分院是中国科学院机关的派出机构，于2005年3月1日成立，负责联系和管理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所工作，负责各单位领导班子建设、科研成果转移转化（院地合作工作），以及党建、纪检、监察、审计和相关事务管理工作，并协调院与北京市有关部门的对口联系，承担院委托的其他工作。

北京分院机关设置8个部门：综合办公室、党群办公室、科技创新办公室、干部人事处、监督审计处、宣传培训处、资产财务处、行政后勤处。

北京分院系统现有40个研究机构，2个公共支撑单位和2个其他单位。分院系统拥有3个国家实验室和47个国家重点实验室，10个国家工程实验室，13个国家工程（技术）研究中心，104个中国科学院重点实验室。

截至2019年底，北京分院系统共有在职职工2.4万余人。其中专业技术人员2.1万余人，包括高级专业技术人员10755人，中国科学院院士117人，中国工程院院士11人。