1986年10月，根据《中华人民共和国注册会计师法》和《社会团体登记管理条例》的规定，成立上海市注册会计师协会[SHANGHAIINSTITUTEOFCERTIFIEDPUBLICACCOUNTANTS（英文缩写SHICPA）]。上海市注册会计师协会是本市注册会计师的行业组织，也是中国注册会计师协会的地方组织。

1997年4月，根据国务院、财政部的部署，经上海市人民政府批准，上海市注册会计师协会召开了特别会议（暨第三届会员代表大会），上海市注册会计师协会和上海市社会审计协会实现了联合，标志着本市的社会审计工作进入新的历史阶段。

2018年7月12日，协会召开第六届会员代表大会。

协会的宗旨是服务、监督、管理、协调、促进。

协会依法接受上海市社会团体管理局的监督管理、接受上海市财政局的监督指导和中国注册会计师协会的指导。

根据本会章程规定，本会会员分为单位会员、个人会员（分为执业会员和非执业会员）。依法批准设立的会计师事务所为本会单位会员。截至2018年底，协会有单位会员343家，个人会员31019人，其中，执业会员6568人，非执业会员24451人。

协会最高权力机构为会员代表大会，会员代表大会选举产生理事会、监事会。理事会选举产生会长、副会长、秘书长、常务理事。常务理事会在理事会闭会期间行使理事会职权。监事会在会员代表大会闭会期间负责监督本会的业务活动及财务管理。协会下设秘书处，为其常设执行机构，秘书处现有工作人员29人，内设行政部、综合部、注册部、监管部、考试培训部和行业党委办公室等6个部门。

协会共设立财务委员会、《上海注册会计师》编辑委员会、行业信息化委员会、惩戒委员会、申诉维权委员会、教育培训委员会、注册管理委员会、保险职业责任专业委员会及专业技术委员会等9个委员会支持行业工作。

1997年，协会创办内刊《上海注册会计师》。

2002年，协会建立“上海市注册会计师协会”官方网站。