医院占地面积61亩。医院核定床位1000张，口腔综合椅位260张。2全院职工285人，医疗专业技术人员占82%以上，其中副高职称以上专家354人。现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生、口腔颌面外科专家邱蔚六、骨科专家戴尅戎，以及国家973项目首席科学家曹谊林教授和上海市十大科技精英、上海市领军人才、卫生部突出贡献中青年专家张志愿教授。

上海第九医院医院拥有3个上海市临床医学中心(口腔临床、整复外科、关节外科)和2个上海市临床医疗质量控制中心(口腔医学、医学美容)。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学(骨科)现为国家重点学科，口腔基础医学现为国家重点培育学科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部第三期“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科(优势学科)，口腔修复生物材料学为上海市重点学科(特色学科)，口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。也是上海交通大学医学院血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位。

医院年门急诊病人160万人次，年出院病人3.1万人次，年施行住院手术20400余例，门诊手术53000余例。各学科临床水平不断提高，其中口腔颌面外科、整复外科和骨科在国内外诸多领域达国际领先水平，成为全国知名品牌。近年来，“裸鼠背上长人耳”、“国内首例胸骨裂畸形”小吴菁修复术、“中国第一毛孩”于震环外耳道整形术、“下颌骨骨化性纤维瘤”欧阳莉菁肿瘤切除植骨修复术等曾轰动全国。

九院是上海交通大学口腔医学院、九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室，建立了国内一流的口腔仿真模头实训基地有硕士生导师103名，博士生导师49名，设有3个博士后流动站，15个博士点、20个硕士点。医院现有1个国家组织工程研发中心，1个教育部数字医学工程研究中心，上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室。拥有上海市整复外科研究所、上海市口腔医学研究所和上海市生物材料研究测试中心。上海市科技功臣1人，上海市十大科技精英2人。有国家杰出青年2人，长江特聘教授1人，新世纪百千万工程国家级人选1人、教育部跨世纪人才计划4人、卫生部突出贡献中青年专家4人，以及上海市启明星(后)计划等市级以上人才培养近100人次。近十年来医院承担纵向科研项目500多项，其中包括其中973首席科学家项目2项，国家自然科学基金107项(重点项目3项)。获国家级奖项3项(国家科技发明二等奖1项、国家科技进步二等奖2项)，省部级奖项39项(其中一等奖6项)。科研总经费约16000多万元，发表论文3000余篇，其中SCI收录论文162篇。2004年度Medline收录论文数量居全国医疗机构排名第1位。